发布日期：2024-07-23 22:29 点击次数：148
原癌基因MYC编码一种核转录因子，该因子在多种细胞经过中阐发迫切作用，如细胞周期程度、增殖、代谢、粘附、凋一火和诊治耐药性。MYC扩增在几种侵袭性实体恶性肿瘤中握续不雅察到，况兼与不良预后和远方转换相干。诚然MYC寇仇颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者的致瘤作用已无人不晓bt工厂唯爱侦查，但该基因扩增可能产生诊治耐药性（尤其是对免疫查验点阁下剂的耐药性）的分子机制仍未得到充分究诘。本究诘先容了一个复发/转换性（R/M）HNSCC患者的独到病例，尽管率先对基于纳武利尤单抗的诊治有反应，但在取得MYC扩增后，转换性疾病赶快发展。究诘者对这名患者在基线和进展时的肿瘤进行了比较转录组分析，以接洽MYC可能赋予免疫疗法和/或放化疗耐药性的潜在分子经过，并使用TCGA-HNSC数据集和机构队伍进一步探索与HNSCC中MYC扩增相干的临床病理特征和要道分子采集。这项究诘强调了MYC扩增是免疫查验点阁下剂耐药的潜在机制，并冷漠将其用作R/M HNSCC的展望生物记号物和潜在诊治靶点。
究诘布景
局部晚期头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）与非病毒介导疾病的较差5年糊口率（仅为40%）相干，况兼轮廓多模态疗法会导致大王人功能性疾病。由于全身细胞毒性化疗在诊治复发/转换性（R/M）HNSCC方面得手率较低，最近的临床重心已转换到免疫诊治，即靶向T细胞阁下性受体（其功能行动免疫查验点，如才略性物化受体1（PD-1））的抗体。尽管如斯，据报说念，在复发/转换性（R/M）的一线诊治中，惟有15-20%领受诊治的患者PD-1阁下剂可开释抗肿瘤免疫力并竣事握久的临床反应，总体4年总糊口率约为15%，在 PD-L1轮廓阳性评分（CPS）为20或更高的病例中达22%。患者之间诊治效益的这种各别，加上忙绿针对免疫疗法耐药性的任何步伐有用疗法，使得需要任意展望性生物记号物以更好地为临床大夫的诊治决策提供信息。诚然有报说念称CPS评估较高的PD-L1抒发可展望对免疫查验点阁下剂（ICI）的追究反应，但CPS仍然是一种不完善的生物记号物，大多数患者最终会产生诊治耐药性。因此，任意矫正的反应和耐药性生物记号物卓著迫切，因为免疫诊治进展后的生物记号物靶向疗法（如HRA）标明，细目驱动HNSCC诊治耐药性的具体机制是诊治发展的要道。此外，对于头颈癌对ICI的耐药机制知之甚少，这进一步为止了展望无反应者和究诘针对R/M HNSCC对ICI耐药机制的新疗法的才气。
MYC致癌基因变异在各式实体恶性肿瘤中均有高发性，况兼与侵袭性疾病和不良临床预后相干。诚然在特定东说念主类淋巴瘤中发现了正常MYC取得性功能突变，但在HNSCC中，扩增似乎是MYC基因中发生的主要基因变异，在TCGA的HNSCC队伍中预计发生率为12%，而突变仅发生在一小部分（1.2%）患者中。已知MYC扩增对转录组具有平凡的影响，驱动与卵巢癌、乳腺癌和肺癌等细胞助长、增殖、抗凋一火和代谢经过相干的各式有丝分裂原和糊口信号通路的上调。此外，MYC在阁下宿主抗肿瘤免疫豪迈中阐发迫切作用，其机制包括通过阁下性细胞因子（如TGFβ和免疫转换分子如PD-L1、CD47和MHC I）修饰肿瘤微环境。尽管MYC的致瘤作用是无人不晓的，但该基因突变或扩增可能导致HNSCC诊治耐药性的分子机制仍未得到充分究诘。最近有一例复发/转换性（R/M）HNSCC患者的病例讲演，强调了由于取得MYC扩增而导致的转换性病变对纳武利尤单抗的不同反应。MYC扩增的病变对ICI有耐药性，而整个其他莫得MYC扩增的病变王人对诊治有反应，这标明MYC扩增可能在R/M HNSCC的ICI耐药性中阐发作用。另一项究诘扶植这一不雅点，MYC扩增转换PD-L1抒发，并导致食管鳞状细胞癌对ICI诊治的反应性镌汰。
本究诘先容了一个特殊病例，又名R/M HNSCC患者尽管率先对基于纳武利尤单抗的疗法有反应，但在转换性病变取得MYC扩增后赶快进展。究诘者对该患者的HNSCC进行了转录组分析，以细目MYC扩增可能导致免疫疗法耐药的潜在分子经过。左证这些发现，究诘者搜索了里面基因组测序平台，并细目了另外7名MYC扩增HNSCC患者以及48名MYC野生型匹配对照，以进一步发达MYC驱动疾病的更平凡的临床病理特征。终末，究诘者使用从TCGA取得的转录组数据进行基因抒发和通路分析，以进一步探索与HNSCC中的MYC扩增相干的要道分子采集。总的来说，这项究诘旨在强调MYC扩增行动诊治耐药的潜在机制，并冷漠将其用作R/M HNSCC诊治的展望生物记号物和潜在诊治靶点。
病 例
又名58岁男性，有80包年的香烟史，但在2020年7月会诊发现右侧颈部肿块时戒烟（图1）。颈部CT软组织对比浮现双侧淋恭维非常肿大，外不雅异质，声门水平下咽前部软组织凸起。随后在超声领导下对右颈部淋恭维进行细针穿刺，效果浮现少许转换性鳞状细胞癌累及纤维和淋巴组织，此时患者被转诊至本机构的多学科头颈肿瘤团队。内窥镜查验发现3cm的会厌带蒂病变。对会厌病变进行活检，效果浮现为鳞状细胞癌。p16免疫组织化学染色为阴性。随后进行PET/CT扫描，效果浮现颈部淋恭维转换，最较着位于双侧2级，伴有沿声门前相接病变的轻度代谢亢进，分期为（cT1N2cM0，IVa期，好意思国癌症长入委员会第8版）。对原发性会厌标本进行基线Oncoplus分子分析，效果浮现CDKN2A缺失、TP53缺失、BAP1重排和KDM6A突变。发现标本为微卫星通晓（MSS），肿瘤突变负荷（TMB）为18.0 mut/Mb。PD-L1免疫组化染色为阴性（CPS<1%）。
图1
患者投入了针对局部晚期、HPV阴性HNSCC的II期临床磨砺（NCT03944915），该磨砺评估了基于纳武利尤单抗的化疗免疫疗法，随后进行基于反应分层的局部区域诊治。该患者出手领受三个周期的诱骗化疗免疫疗法，包括纳武利尤单抗360 mg、第1天，紫杉醇100 mg/m2、第1/8/15天和卡铂AUC 5、第 1 天（21天为一个周期），随后影像学浮现左证RECIST 1.1肿瘤松开42%，随后按照决策领受放化疗（CRT）诊治，包括顺铂100 mg/m2，每21天一次，逐日分次辐射诊治（RT），每次2 Gy，共70 Gy，分35次映照大体疾病和双侧颈部。完成CRT后，患者按照决策出手进行纳武利尤单抗辅助诊治。完成CRT三个月后，患者领受PET查验，效果浮现代谢整个缓解。MRI查验浮现无残留颈部淋恭维转换或可辩认的可测量喉部肿瘤，妥当RECIST 1.1步伐的整个缓解，径直喉镜查验浮现临床整个缓解。可是，在纳武利尤单抗辅助诊治技巧，即完成放化疗六个月后，患者领受CT影像学查验，效果浮现新的纵隔和肺门淋恭维肿大。随后的PET扫描浮现纵隔和双侧肺门淋恭维肿大以及左肾上腺结节的18F-氟脱氧葡萄糖（FDG）亲和力。2021年9月，支气管内超声和纵隔淋恭维的细针穿刺查验浮现p16阴性，转换性鳞状细胞癌。对纵隔淋恭维进行了重叠Oncoplus分子分析，效果浮现除了基线分析中检测到的基因变异（举例CDKN2A和TP53缺失、BAP1重排以及KDM6A突变）外，还存在取得性MYC扩增，扶植原发性疾病和进展性疾病之间存在克隆关系。值得稳健的是，该活检组织在免疫组织化学染色中也发现PD-L1阴性。
患者出手领受化疗决策，包括卡铂（AUC 5 第1天）、5-氟尿嘧啶（5-FU，1000 mg/m2/d，第1-4天）和西妥昔单抗（400 mg/m2，随后每周250 mg/m2，21天为一个周期）。重叠影像学浮现，在4个周期的化疗/西妥昔单抗诊治后，病情进展，胸内淋恭维肿大（LAD）和肾上腺病变均间歇性加多，况兼T10和T12出现新的脊椎转换。患者领受了右髋的姑息性XRT，可是，他的体能景况赶快恶化，并在出手化疗/西妥昔单抗诊治复发/转换性HNSCC五个月后，最终因病情进展而物化。
鉴于在出手部分缓解后领受抗PD-1诊治时不雅察到快速进展的疾病中取得性MYC扩增，究诘者不息从里面数据汇聚表征MYC扩增HNSCC的临床病理特征，对本病例患者中有和莫得MYC扩增的配对样本进行RNA测序，并分析了从TCGA-HNSC数据集取得的MYC扩增病例的转录组数据。
取得性MYC扩增HNSCC的临床病理学特征：
为了进一步接洽取得性MYC扩增肿瘤的临床和分子特征，究诘者对2018年至2021年技巧在该机构领受诊治的HNSCC患者的医疗纪录进行了总结性审查。究诘者左证复发时的OncoPlus检测细目了8例MYC扩增阳性的病例（包括本例患者），以及48例带有野生型MYC的匹配对照病例。MYC扩增病例的中位年级为61岁，25%为口咽p16阳性，整个病例（100%）在会诊时均患有局部疾病并率先领受了放化疗，而大多数（63%）最终在诊治经过中领受了免疫诊治。MYC扩增与喉原发部位的富集显耀相干，并浮现出TP53和CDKN2A基因变异频率升高的数值趋势，与昔时的讲演相似。两组之间的中位年级、性别、诊治形势、p16景况（HPV阳性的替代生物记号物）以及会诊时的肿瘤分期莫得各别，MYC扩增患者在主要诊治后出现复发和/或转换性疾病的发生率莫得显耀加多的趋势，MYC扩增患者为100%，而野生型MYC患者为72.9%（p=0.08）。此外，诚然在可用于分析的样本量较小的情况下，总体糊口期在统计学上莫得显耀各别，但MYC扩增患者的中位糊口期为40.6个月，而MYC野生型个体的中位糊口期为49.1个月。
取得性MYC扩增的患者配对样本的RNA-Seq分析：
鉴于在HNSCC免疫诊治耐药情况下与MYC扩增相干的转录变化尚不明晰，究诘者接下来对病例讲演中刻画的患者在基线和领受纳武单抗时R/M疾病快速进展时网罗的肿瘤标本进行RNA-Seq分析。对配对样本进行的纯刻画性比较转录组分析标明，已知受MYC转换的基因在疾病进展时上调，举例WNT/β-catenin通路欢跃剂、糖酵解阶梯的中枢基因（举例编码磷酸果糖激酶、己糖激酶II和烯醇化酶的基因）、脂肪酸代谢基因（举例乙酰辅酶A羧化酶、脂肪酸合酶和ATP-柠檬酸裂解酶）基因、核苷酸转换因子（举例核糖核苷酸归附酶和外核苷三磷酸二磷酸水解酶）和卵白质转换因子（举例真核翻译和蔓延因子）合成采集，以及在细胞增殖和存活中阐发作用的分子（图2）。相悖，已知能负向转换细胞周期、细胞凋一火和细胞粘附的WNT拮抗剂（肿瘤阁下因子）在MYC扩增疾病中下调。值得稳健的是，与基线比拟，参与宿主抗肿瘤免疫反应的基因（举例免疫激活转换剂、I类东说念主类白细胞抗原（HLA）、STAT 1/2和与召募免疫阁下细胞相干的趋化因子）在MYC扩增肿瘤中险些深广下调。诚然这些刻画性不雅察效果可能提供与取得性MYC扩增相干的转录组变化的快照，但展望数千个基因（近15％的转录组）是MYC的径直靶标，突显了MYC转换信号采集的复杂性。
图2
晓晓电影122xxMYC扩增的取得与平凡的转录组变化相干：
由于究诘者无法基于单例测序分析得出具有统计学真谛的论断，究诘者接下来使用从TCGA-HNSC数据汇聚取得的样本进行了转录组评估。值得稳健的是，捎带MYC扩增的肿瘤（n=59）富集喉部疾病、TP53和CDKN2A突变，况兼暴露出已知与几种癌症（包括 HNSCC）致癌作用相干的多种驱动基因的显耀上调（举例ELAVL2、CXCL5、FGFR4、CCNP、STC2、POU5F1B和SYT12）。显耀下调的基因包含已知的肿瘤阁下因子和免疫反应转换因子（MYD88、NAT1、DDB2、PPP2R5C、LPAR6、CNP、CASP1、CXCL10 和 CEACAM1）（图3a）。酷好的是，T细胞召募趋化因子、免疫查验点、与抗原呈递相干的基因和IFN-γ信号传导的相对抒发在MYC扩增的肿瘤中呈下调趋势。由于抒发阵势分析无法捕捉到信号传导水平上基因间动态相互作用引起的样本间眇小各别，究诘者接下来诈欺了基于通路的评分方法，将基因抒发数据投射到生物采聚积。使用KEGG和MSigDB Hallmark通路数据库的基因集富集分析（GSEA）浮现，MYC扩增肿瘤中上调最多的通路由促进肿瘤助长、转换和化学耐药的经过所代表，举例缺氧、卵白质代谢、糖酵解、上皮-间质滚动、血管生成、WNT（已被解释可转录激活MYC抒发）、NOTCH、mTORC1、Hedgehog、Hippo和IL-6/JAK/STAT3信号传导（图3b）。另一方面，与抗肿瘤免疫反应相干的通路（举例，搅扰素-γ反应、T细胞受体信号传导、当然杀伤细胞介导的细胞毒性、抗原加工和呈递、Th1/Th2细胞分化和Toll样受体信号传导）鄙人调信号轴中富集（图3b），这可能在一定程度上解释了免疫疗法对MYC驱动的恶性肿瘤的疗效欠安。为了更能干地查询转录组数据，聘用iPANDA算法来展望从Reactome数据库检索到的通路的各别激活，该数据库提供了信号传导轴的头绪结构，分组为更平凡的生物功能畛域。PandaOmics扶植GSEA分析，揭示了与细胞周期程度、基因抒发、信号转导和代谢相干的信号采集在捎带MYC扩增的患者中上调，而与免疫系统和细胞凋一火相干的细胞经过下调（图3c）。值得稳健的是，诚然两组之间的HPV频率、年级、性别和会诊时的肿瘤分期莫得各别，但MYC扩增肿瘤患者的5年总糊口率低于MYC野生型患者（图3d），扶植上述分子景不雅变化与患者结局的相干性。
图3
讨 论
免疫查验点阁下剂单独使用或与化疗长入使用在R/M HNSCC中已阐发迫切作用况兼与糊口率耕种关系，但取得性耐药的机制尚不明晰。本究诘先容了一个特殊病例，患者患有p16阴性会厌鳞状细胞癌，分期为T1N2cM0（IVA），在诱骗纳武利尤单抗/化疗后出现部分反应，随后进行细目性同步CRT，浮现出整个的代谢反应。酷好的是，尽管早期对诊治有反应，但不清闲的是，该患者在积极领受纳武利尤单抗辅助诊治时出现了快速进展的转换性疾病，况兼被发现取得了基线活检中不存在的MYC扩增。这就引出了一个问题：在该患者快速进展的转换性HNSCC中， MYC扩增的取得奈何导致促进免疫避开和诊治耐药的分子通路功能拒绝。诚然MYC扩增在上皮型恶性肿瘤中已被充分刻画况兼与不良预后相干，但其在HNSCC诊治耐药性和免疫避开中的作用尚未被明确。
究诘者率先查询了里面数据库，查找复发时有MYC扩增的HNSCC患者以及MYC野生型对照，以刻画该队伍的临床病理学特征。值得稳健的是，究诘者发现MYC扩增的HNSCC在喉部原发部位富集，况兼似乎与TP53和CDKN2A基因变异和HPV阴性疾病的较高频率相干，这与之前的讲演一致。可是，尽管有这些发现，本队伍中的MYC扩增也在其他亚部位和HPV阳性HNSCC患者中发现。诚然由于里面队伍的样本量较小，无法进行具有统计学真谛的预后比较，况兼MYC景况仅在复发时可评估，但MYC扩增患者的中位糊口期似乎呈现更差的数值趋势，且复发率更高，尽管大多数患者最终除了领受放化疗外还领受了免疫诊治，这与之前的不雅察效果相符。
尽管这些发现指示了独到的临床病理阵势和预后真谛，但无法接洽取得性MYC变异在诊治耐药性（包括HNSCC中的免疫避开）中的潜在作用。因此，究诘者对来自指令病例的配对样本进行了RNA-Seq分析，以刻画性地比较基线MYC野生型肿瘤样本与领受抗PD-1诊治时取得MYC扩增的远方转换性疾病。值得稳健的是，究诘者发现时WNT/β-catenin信号（与多种东说念主类癌症类型的免疫放手密切相干）、糖酵解阶梯、脂肪酸代谢、核苷酸转换剂和卵白质合成采聚积阐发作用的基因相对上调。同期，究诘者发现已知可负向转换细胞周期、细胞凋一火和细胞粘附的肿瘤阁下因子相对下调，这与之前的不雅点一致，即HNSCC中的MYC扩增与激活DNA确立阶梯和促进DNA挫伤查验点反应关系，这可能导致化疗和放疗耐药性。值得稳健的是，本例患者的配对RNA-Seq分析还发现参与宿主抗肿瘤免疫反应的基因相对下调，包括免疫激活转换剂、I类HLA、STAT1/2和与肿瘤微环境内免疫阁下细胞召募关系的趋化因子。先前的究诘阐明了这些发现，标明MYC激活会导致免疫阁下性肿瘤微环境（如转换性T细胞）的富集，同期吊销CD8+ T细胞和NK细胞，这种情况在包括HNSCC在内的几种肿瘤类型中王人存在，况兼有报说念称MYC扩增后免疫查验点阁下剂的转换灶反应存在各别。诚然无法对单个患者进行稳健的统计比较，但这些发现标明存在潜在的MYC介导的免疫逃遁机制，这可能解释了该患者在取得MYC扩增后对免疫查验点阁下剂产生继发性耐药的原因。值得稳健的是，该患者在基线时肿瘤中莫得PD-L1抒发，这也可能解释了尽管该患者领受了免疫查验点阁下剂诊治，但仍存在免疫逃遁征象。可是，究诘者稳健到基线时肿瘤突变负荷卓著高（18 mut/MB），即使莫得PD-L1抒发，也不错通过产生更高的新抗原负荷来展望对免疫查验点阁下的反应，从而促进免疫查验点阁下剂更深头绪、更握久的反应。这扶植了究诘者的假定，即取得性MYC驱动的免疫阁下经过可能在该患者领受纳武利尤单抗时的疾病快速进展中阐发作用，即使存在弘大的新抗原。
鉴于无法基于单例配对测序分析得出具有统计学真谛的论断，究诘者查询了公开可用的TCGA-HNSC数据汇聚的转录组变化。究诘者再次发现喉部疾病和HPV阴性患者的富集，以及与TP53的关联加多（如先前在文件和咱们的里面数据汇聚所述），以及与MYC野生型比拟糊口率明显下落。由于HPV阴性景况和TP53突变的存在是HNSCC中侵袭性疾病表型的寂然展望身分，它们也可能是MYC扩增患者总体糊口率较低的原因，需要进行机制究诘。TCGA-HNSC分析通常发现致癌驱动基因上调，以及肿瘤阁下基因和免疫反应转换阶梯下调。此外，iPANDA通路激活展望分析具体细目了与细胞周期程度、信号转导和代谢相干的信号采集的上调，而免疫细胞经过和细胞凋一火如实下调。这些为基于单个病例的RNA-Seq分析的假定提供了特殊的扶植，即除了放化疗耐药性除外，MYC驱动的免疫避开机制在该患者尽管对基于免疫疗法的多模态诊治有初步反应但预后欠安的原因中起着要道作用。本究诘效果强调需要进行更多究诘来接洽MYC介导的HNSCC取得性免疫疗法耐药机制，以及潜在的组合诊治战术，以针对驱动这种诊治耐药性的细胞经过。
本究诘的局限性包括单个患者病例为止了明确的论断，以及里面队伍中MYC扩增病例数目较少为止了统计比较的才气。此外，由于MYC扩增与MYC野生型队伍的比较具有总结性，因此单个机构的DNA测序可能存在弃取偏差和潜在的搀杂身分，这为止了明确的论断和深广性。此外，TCGA-HNSC患者的转录组数据是从原发性肿瘤中取得的，这可能无法整个反应R/M疾病进展时发生的MYC诱骗信号非常的复杂采集。终末，诚然转录组通路分析侧重于潜在的MYC驱动的免疫避开机制，但对化疗、放疗和靶向诊治的诊治耐药性也可能阐发作用。需要进一步究诘以从机制上区别对免疫疗法和其他诊治形势的诊治耐药性。由于莫得公认的HNSCC细胞或动物模子模拟MYC扩增，究诘者现时正在创建捎带MYC扩增的HNSCC类器官库。使用这些模子进行的机制究诘将在后续出书物中讲演。
总之，本究诘标明，诚然MYC扩增在HNSCC中相对不常见，但它可能不仅在放化疗耐药中阐发要道作用，还标明取得性克隆变异可能通过各式潜在的免疫阁下机制驱动对免疫疗法的耐药，值得进一步究诘。对HNSCC中MYC驱动的免疫避开的潜在机制进行表征，不错开导生物记号物弃取的靶向长入诊治战术来克服对免疫疗法的耐药性。
参考文件：
Cyberski TF, Singh A, Korzinkin M, Mishra V, Pun F, Shen L, Wing C, Cheng X, Baird B, Miao Y, Elkabets M, Kochanny S, Guo W, Dyer E, Pearson ATbt工厂唯爱侦查, Juloori A, Lingen M, Cole G, Zhavoronkov A, Agrawal N, Izumchenko E, Rosenberg AJ. Acquired resistance to immunotherapy and chemoradiation in MYC amplified head and neck cancer. NPJ Precis Oncol. 2024 May 23;8(1):114. doi: 10.1038/s41698-024-00606-w. PMID: 38783041; PMCID: PMC11116544.
究诘者肿瘤细胞基因患者发布于：江苏省声明：该文不雅点仅代表作家本东说念主，搜狐号系信息发布平台，搜狐仅提供信息存储空间奇迹。